苻崇是前秦高帝苻登的儿子。太元十二年（前秦太初二年，387年），苻登任命苻崇为尚书左仆射，封爵东平王。

太元十三年（前秦太初三年，388年）八月，苻登立苻崇为皇太子。

太元十九年（前秦太初九年，394年）十月，苻崇因遭秦武元王乞伏乾归所驱逐，于是投奔陇西王杨定。杨定留下司马邵强守卫秦州，自己亲自统领两万大军与苻崇一起进攻乞伏乾归，乞伏乾归则派遣凉州牧乞伏轲弹、秦州牧乞伏益州、立义将军越质诘归统领三万骑兵前往抵御。杨定与乞伏益州在平川一带展开激战，将乞伏益州打得大败，乞伏轲弹和越质诘归带着部队向后撤退。不久，乞伏轲弹再次率领骑兵挺进，与杨定军作战，乞伏益州与越质诘归亦率部紧紧跟上，将杨定的兵马打得大败，并杀死杨定和苻崇，斩杀他们的部众一万七千多人，自此前秦政权彻底灭亡。