皇甫商（?-303年），安定朝（zhu）那（nuo）（今宁夏固原市彭阳县）人，秦州刺史皇甫重之弟。

齐王司马冏辅政，以为参军。素与河间王司马颙心腹李含不睦。太安二年（公元303年），司马颙以李含之死为由，联合成都王司马颖起兵讨伐长沙王司马乂。司马乂以商为左将军、河东太守，领万余人于关门距张方，为方所破。十一月，司马颖、张方军逼近京师，决断水源。司马乂既屡败，乃使商间行赍帝手诏，使游楷尽罢兵，令皇甫重进军讨颙。皇甫商行过长安，至新平，遇其从甥。从甥素憎之，以告颙，为司马颙捕获，杀之。