黎元洪虽然被逼参加革命，但参加之后也作了一定贡献。张继曾说：“把黎元洪说得如何坏，其实太过。黎元洪是不是从床下拉出来的，这可以不问。”辛亥革命时，黎元洪作为革命军领袖，起着统率全军、稳定军心的作用。荫昌率军南下时，在彰德与袁世凯会面。荫昌认为武昌起义军纯系乌合之众，无人主持，不难扑灭。袁世凯则说：“湖北以黎元洪为首领，何谓无人？”

袁世凯复出之后，派手下大将冯国璋打下汉阳，在龟山上架设大炮，威胁武昌。在炮口威胁之下，革命军不得不同意议和。待南北议和成功，清帝逊位，袁世凯被选举为大总统，黎元洪为副总统。辛亥革命前，黎元洪不过是军队中一名高级军官，辛亥革命后，黎元洪一跃而为副总统，可谓是造化弄人。

辛亥革命时，孙武、张振武、蒋翊武三位青年才俊被称为“三武”。张振武在武昌起义后骄横跋扈，与黎元洪意见不合时，常拔枪威胁黎元洪。汉阳之战后，张振武去上海采购枪支弹药和服装，但其所采购的物品多数不敷使用，且张振武自作主张，将军火的一半分出来给自己，准备去烟台扫荡北方，导致黎元洪不满，暗生杀机。

南北议和之后，张振武被袁世凯聘为总统府顾问。在张振武进京后，8月13日，黎元洪给袁世凯发了一封密电，罗列张振武罪状，最后说：“元洪爱既不能，忍又不敢，回肠荡气，仁智俱穷，伏乞将张振武立予正法。”袁世凯收到密电，看完内容后大吃一惊，随即将自己的四个亲信段祺瑞、冯国璋、段芝贵、赵秉钧招来商量。商量后一致决定再次回电询问黎元洪，杀张振武是否出于黎元洪本人意思。黎元洪复电称，实系其本人意思，袁世凯遂决定捕杀张振武。

8月15日晚，张振武在北京六国饭店宴请军政要人，北洋要人如姜桂题、段芝贵等均出席，段芝贵此时已经获悉张振武即将被捕杀，在酒宴上照样把酒言欢，谈笑自若。宴席结束后，张振武在归途中被步兵统领陆建章逮捕枪决。在北京的孙武等人得悉后大为惊骇，遂来质问，陆建章就将黎元洪发来的密电出示给他们看，让他们知道杀张振武是黎元洪的主意。

张振武被杀，震惊一时。孙武、蒋翊武大为惊恐，还跑去找袁世凯要免死金牌。但张振武被杀，最重要的方面乃是袁世凯违背了《临时约法》。依照《临时约法》规定，总统命令需要总理签署才有效，但袁世凯这次杀张振武用的是军令，而不是行政命令。而约法中对大总统发布军令要不要总理副署又没有明确规定，这使袁世凯钻了约法的空子，并为以后进一步限制约法，乃至废除约法，走向军人干政、军人独裁、洪宪称帝铺垫了基石。就袁世凯杀张振武是否违背约法，参议院曾爆发激烈争吵，为此国务总理陆征祥一度称病住院。

民国初年有四个最具威望的人物，依照顺序排列为孙中山、袁世凯、黄兴、黎元洪。辛亥前，黎元洪不过一协统（旅长）而已，辛亥后一跃而为举国敬仰之人物。黎元洪既会隐忍，又会迎合人心，时人称黎元洪所发电报最酸最文，每遇时局危急，黎元洪必定在电报中痛哭流涕，“垂涕而道”“泥首以请”“痛心疾首”，一副为国操心和为民请愿的忠厚长者模样。虽然黎元洪伪装得好，但他此次请袁世凯杀掉张振武，造就冤案，将其本性暴露无遗，为时人所不屑。

黎元洪本想借袁世凯之手杀掉张振武，没想到袁世凯反将此事真相昭告天下，黎元洪遂为各方所不容。在黎元洪此后的政治生涯中，一直缺乏实力人物支持，也没有自己的独立性，成为一个被操控的傀儡。在北洋时代，黎元洪虽然贵为大总统，但始终只是一尊有虚名无实权的“泥菩萨”。

袁世凯死后，北洋元老段祺瑞、冯国璋等人，认为黎元洪好拿捏，就将他推上前台，接位为民国大总统。袁世凯在世时曾经制定过《袁记宪法》，赋予了自己至高无上的权力。但因为这是袁世凯个人意志操控下的宪法，袁世凯称帝失败后，此宪法自然再无存在空间，此时当回归临时约法，即虚位总统，而以总理掌握实权。

黎元洪出任大总统后，依照拥戴他的段祺瑞等北洋实力派人物本意，只想让他做个傀儡。不料黎元洪却想做个实权总统，处处着手干预，弄得总理段祺瑞很是不爽，双方势同水火。段祺瑞组阁时，拟任徐树铮为国务院秘书长。但小徐一直飞扬跋扈，黎元洪对其是敬而远之。黎元洪曾道：“我是不能与徐树铮共事的。不但不能共事，且怕见他。我见了他，真是芒刺在背。”黎元洪甚至称：“总统可以不做，绝对不能与徐树铮共事。”

可小徐是老段的灵魂，老段无论如何，都必须让小徐在前台掌握实权。为了说服黎元洪，老段请北洋元老徐世昌说情。不料黎元洪对徐世昌道：“请你告诉总理，一万件事我都依从他，只有这一件办不到。”

徐世昌对于老段是了解极深：“我以为一万件事都可以不依从他，只有这一件必须办到。”

黎元洪被逼无奈，只能同意任用徐树铮为国务院秘书长。就小徐而言，此人虽然才气过人，但睚眦必报，进了国务院后，处处与黎元洪作对。

当时舆论认为，总理段祺瑞与国务院秘书长徐树铮之关系，一言以蔽之曰“总理不管，小徐主政”。盖段祺瑞素性不喜治事，虽为掌握大权者之一，但事务都由国务院秘书长执行。如段祺瑞内阁与冯国璋及南方要人来往密电，就在私宅译发，由徐树铮掌管，外人不得探其真相。

1916年7月30日，新任内务总长孙洪伊，偕同沪上议员二十余人，乘寻常快车，于上午11时抵京。是日除大总统特派武官二员外，内务部官员及其他各部门的政客与亲友等皆到站。此外尚有官弁带兵一队，在站保卫。下午2时，孙洪伊即晋谒总统，总统黎元洪称赞其维持共和之功，孙洪伊则称此次民国再造，实黎大总统及段总理首先反对帝制所致，而南方将士战斗之功，北洋军警维持秩序之力，尤有功劳，中国人心不死，故有今日。

孙洪伊，直隶天津（今天津）人，举人出身，曾为袁世凯幕僚。1911年（清宣统三年）当选为直隶谘议局议员，参加立宪运动。辛亥革命后在上海与汤化龙等组织民主党，旋参加进步党。民国年间，有南北大小两孙之说，南孙指孙中山，北孙即孙洪伊，孙中山年长为大，孙洪伊年轻为小。

8月5日，为民国议会第二次常会开幕之期。此日天气清嘉，沿途国旗飘扬，军警环立，气象万千。原本计划10时开会，9时50分总统及国务员到齐，即由参议院长宣告开会。总统黎元洪亲读颂词，全场向国旗行三鞠躬礼，然后总统举行宣誓典礼誓日：“余誓以至诚遵守宪法执行大总统之职务，谨誓。”总理段祺瑞及国务院秘书长徐树铮，皆身着金碧辉煌陆军礼服，其余来宾皆着大礼服。

内务总长孙洪伊上任后，在内阁会议上屡次与徐树铮发生争吵。二人在吉林省长郭宗熙实授、福建省长胡瑞霖查办案上，发生冲突。由徐树铮与孙洪伊冲突，发展为内务部与国务院的冲突，最终演变为府院之争。

8月中旬，总理段祺瑞任命郭宗熙为吉林省长。段祺瑞将任命书缮就，亲自签字，呈请总统用印完毕后，再交给内务总长孙洪伊签字。孙洪伊却不肯签字，称事前未与他商议，不能代负责任。段孙不免各有意见，孙洪伊为此告假三日。8月下旬，在徐树铮的操作下，欲使福建省长胡瑞霖去职。孙洪伊以徐擅权越限，大为不满，向段祺瑞提出抗议。之后徐树铮又想任命某人为某省财政厅长，孙洪伊一直拒绝签字。双方冲突激烈，孙洪伊愤而提出辞呈。

在法律上，国务院的主要成员是国务员（指国务总理与各部总长），并无国务秘书长。列席国务会议时，国务员有发言之权，秘书长则无。秘书长的职务，只是承国务总理之命，办理国务会议所议决事件而已。但在国务会议时，徐树铮以秘书长身份，列席发言比各部总长还要多。大凡国务会议上，与各部总长争执者，必徐树铮也。

又凡任免高级文武官吏者，必经国务会议议决。徐树铮常不经国务会议通过，擅自任命高级官吏。孙洪伊初始以为徐树铮不知程序，曾面告总理段祺瑞，以后任命官员必须经过国务会议，不想徐树铮继续任命官员，不经国务会议。徐树铮又以一人之意，电令江西李纯出兵攻击广东。孙洪伊初时不知，至李纯来电称无兵可调，始发觉此中隐情。

徐树铮屡屡越权，内务总长孙洪伊再三向总理段祺瑞抗议，却无结果。无奈之下，孙洪伊提出辞职，经各方面挽留，段祺瑞出面劝解，最终平息。表面上看，孙洪伊与徐树铮已握手言和，但徐树铮怎肯容忍，寻找机会，要将孙洪伊驱逐。

1916年9月8日，孙洪伊将参与袁世凯称帝的部员六十四人停职。被裁部员多有背景，自然不服，在徐树铮怂恿之下，以祝书元为首的三十二人9月19日向平政院提起行政诉讼。平政院裁决，孙洪伊违背《临时约法》第三十四条“临时大总统任免文武职员，但任命国务员及外交大使公使须得参议院之同意”，将内务部停职部令取消。

10月17日，孙洪伊因反对平政院裁决，提出辞职。但孙洪伊认为，自己辞职，则总理段祺瑞也应辞职，“国务总理如至总统之亲任官总长必须免职之地步，即系总理之责任。故此次问题以内阁员全体辞职为至当，无余单独辞职之理由”。国务院秘书长徐树铮则直接找到黎元洪，将拟好的罢免内务总长孙洪伊的命令呈上，请求盖印。黎元洪勃然大怒，愤而拒绝。

段祺瑞哪里肯陪孙洪伊一起辞职？置之不理。10月29日，孙洪伊见拉不下段祺瑞、徐树铮，转而表示，非总统下免职令，决不辞职。此前总统黎元洪调解，请王士珍与孙洪伊同到总统府，劝其让步，不开内务总长职，暂以考察为名出洋稍避。孙洪伊回答称：“如是总统下免职令，则决不恋栈，但自己无主动辞职的理由，至于出洋考察，我何必出洋？同为国务员，何必徇总理私意？”

徐树铮的行为，导致了国会的反扑。1916年11月，议员数十人署名提出查办徐树铮案，列出罪状七条：（一）蒙蔽总理；（二）侮蔑元首；（三）伪造文书：（四）擅发院令；（五）擅专军令；（六）破坏金融；（七）煽惑军人。并谓斯人不去，恐较诸刘瑾、魏忠贤祸患尤烈。11月21日，徐树铮查办案在众议院提出，以二百零四票多数通过，反对者一百七十八票。

看着双方僵持不下，国会议员又过来不断搅浑水，孙徐二人均不肯去职，府院矛盾激化。总统黎元洪又派人到河南卫辉，请出元老徐世昌来京调和。最后，经徐世昌居中调停，11月20日，黎元洪下令免除孙洪伊的职务，暂时缓和了府院之争。12月22日，下令免除徐树铮的职务。徐树铮虽然去职，可不甘寂寞的他，仍是总理段祺瑞的灵魂，照样操控时局，进而引发了变乱。