（元兴三年，404年） 十二月，刘毅等进克巴陵。毅号令严整，所过百姓安悦。刘裕复以毅为兖州刺史。桓振以桓放之为益州刺史，屯西陵；文处茂击破之，放之走还江陵。

（义熙元年，405年）五月，桂阳太守章武王秀【司马秀】及益州刺史司马轨之谋反，伏诛。秀妻，桓振之妹也，故自疑而反。桓玄馀党桓亮、苻宏等拥众寇乱郡县者以十数，刘毅、刘道规、檀祗等分兵讨灭之，荆、汀、江、豫皆平。诏以毅为都督淮南等五郡军事、豫州刺史，何无忌为都督江东五郡军事、会稽内史。

注：“桓楚”绪余势力桓振，用桓放之为益州刺史，随后刘裕即用宗室司马轨之为益州刺史。