对于其来源，多存疑虑。一种观点以全祖望、钱大昕、王鸣盛为代表，认为是万历以后，明人依据《晋书·载记》编排而成。第二种观点以汤球为代表，他认为简本就是《隋志》中的十卷《纂录》，即《崇文总目》中《十六国春秋略》以及司马光《通鉴考异》中的《十六国春秋钞》。其内容与《太平御览·偏霸部》所引崔鸿书各录基本一致，部分国家多出的内容亦基本见于《晋书·载记》，恐怕也是很晚出的本子。

其二是明朝万历三十七年屠乔孙、项琳之刊行的一百卷本（以《晋书·载记》《魏书》《北史》《册府元龟》《资治通鉴》以及《艺文类聚》《太平御览》等书补缀而成辑本一百卷，史料丰富，然欠考证，是今日的流行本），径题为“崔鸿撰”，并署“屠乔孙、项琳之同订”，实际上如屠、项原序所言，是他们「博采赜探，诠次补葺」、「多方采拾，编次遗忘」的作品。此后流传的屠本，大多不见这些声明了该书重辑性质的原序，因此清初以来学者多斥为伪书。屠本一百卷分为十六国录，各录顺序也与《魏书·崔鸿传》所载一致，但它的取材并不限于崔鸿之书，而是把各种有关十六国的资料汇为一编，不标注出处，大体可视为一部明人重撰的十六国编年史。

清代修《四库全书》时，将以上两种版本的《十六国春秋》同时收录，并将何本易名为《别本十六国春秋》。在汤球重辑以前，清人见到的主要就是这两种《十六国春秋》。

清代汤球辑有《十六国春秋辑补》一百卷，所辑史料力求信而有征，并有考证工作，是研究十六国史的重要参考书。

在正式辑补《十六国春秋》以前，汤球先校订了十六卷本《十六国春秋》，这是由于他认为十六卷本就是《隋书·经籍志》著录的《十六国春秋纂录》，也是《崇文总目》中的《十六国春秋略》、《通鉴考异》所说的《十六国春秋钞》。这种观点过于理想化，没有强硬的证据。不过由于十六卷本与《御览·偏霸部》内容极为接近，而《偏霸部》明引作崔鸿《十六国春秋》，且引用形成体系，非他处零散的《十六国春秋》佚文可比，以此为基础辑佚，从效果而言不失为合理。汤球把十六卷本与《御览·偏霸部》进行校勘，依《隋志》著录卷数改定为十卷，题为《十六国春秋纂录校本》。

十六卷本、别本（同名）

十六卷简本，十六国各有一录，记各国主五十八人，与《晋书》大同小异。载于明代何镗《汉魏丛书》。

屠本（同名）

百卷本即屠本，托名为崔鸿。明神宗时，屠乔孙、项琳之根据《晋书·载记》《魏书》《北史》《册府元龟》《资治通鉴》以及《艺文类聚》《太平御览》等涉及十六国史实的书籍补缀而成，仍提《十六国春秋》，收入在《四库全书》中。纪昀评价屠本虽非崔氏旧书，但其“皆执诸书所引鸿书，联贯排比而成，与他伪书究不同也”。

明代屠乔孙、项琳之以《晋书·载记》《魏书》《北史》《册府元龟》《资治通鉴》以及《艺文类聚》《太平御览》等书补缀而成辑本一百卷，仍题“崔鸿撰”，并署“屠乔孙、项琳之同订”，史料丰富，然欠考证，被清人斥为伪书，是今日的流行本。

屠乔孙在明代编修的这个版本，后人往往称之为屠本《十六国春秋》。

汤辑本（异名）

其中以第三者最具参考、阅读价值。

崔鸿(478年～525年)， 字彦鸾，清河（今山东省夏津县）人，是北魏名臣崔光之侄。崔鸿年轻时就有志于修史。西晋灭亡后中原地区先后出现了匈奴族刘渊、羯族石勒、氐族苻健等建立的政权，历史上总称为十六国，这些政权各有自己的史书，但是体例不一，记述差距也较大。所以，崔鸿根据旧的记载，加以综合汇编，写成一百卷，此外还有序例一卷，年表一卷，草成《十六国春秋》102卷。 “五胡十六国”之名因《十六国春秋》一书而得名。《十六国春秋》突破既往传统，将各国国书改名为“录”，各国帝纪改名曰“传”，“不附正朔，自相君长”，记录各国史事时，系以各自之年号。各国国主之事迹，则按正史本纪之体例，摒弃汉民族之“贵中华而贱夷狄”偏见。又有序例、表、赞，体例完备。