1780年（清乾隆四十五年），初彭龄中进士，授翰林院编修。1789年（清乾隆五十四年），任江西道御史。在此期间，他先后上疏参劾协办大学士彭元瑞和江西巡抚陈淮，以耿直敢言引起朝廷注目，升任工部侍郎。

1799年（清嘉庆四年），初彭龄出任云南巡抚。这时，云南省盐政腐败，盐价昂贵。少数民族纷纷暴动反抗盐官、盐差。云南总督富纲建议皇帝停办官盐，改归民运民销。初彭龄上疏极力支持富纲的建议，主张令灶户自煎自卖，盐商自运自销。这一办法推行后，多年盐务积弊得以克服。接着，他上表参劾兵部侍郎江兰任云南巡抚期间，对盐井遭水淹，少数民族为盐政腐败而闹事等情匿不上报罪，结果江兰被免职。

1801至1802年（清嘉庆六至七年），初彭龄先后上疏参劾贵州巡抚伊桑阿、常明等，这些被参官吏，都受到严惩。1803年（清嘉庆八年），赴陕西省清查军需，查获陕西巡抚秦承恩等浮支滥用军需粮饷，初彭龄上疏参劾，使他们分别受到撤职降级等不同处分。1804年（清嘉庆九年）初彭龄上疏参劾湖广总督吴熊光，因疏中所列吴的罪状不实，初彭龄被撤职，回家闭门思过。未及一年，又起复为内阁学士兼礼部侍郎，赴甘肃复查刑事案件，并查办西宁盐务。不久，调任安徽巡抚。这时寿州武举张大有因与侄张伦争夺一女人，投毒将张伦及一名雇工害死。张大有通过苏州知府周锷打通了湖广总督铁保的关节，以张伦等被毒蛇咬伤致死定案。初彭龄认真研究了案情，弄清了真象，凶手伏法，铁保被流放。